La llegada de la Orden de San Francisco a León se sitúa en el siglo XIII. El convento levantado pasó por diversas vicisitudes, terminándose la iglesia actual en 1791 bajo la dirección del arquitecto Francisco de Rivas. De estilo neoclásico y con planta de cruz latina está decorada con pilastras de orden dórico.
Después de la exclaustración de mediados del siglo XIX como consecuencia de la Desamortización de Mendizábal, los frailes Capuchinos volvieron a ocupar el convento en 1882. En ese mismo año se traslada desde la Catedral el retablo barroco obra de Narciso y Simón Gavilán Tomé.