L’arrivée de l’Ordre de Saint François à León remonte au XIIIe siècle. Le couvent bâti a traversé diverses vicissitudes, l’actuelle église ayant été achevée en 1791, sous la direction de l’architecte Francisco de Rivas. De style néo-classique et au plan de croix latine, elle est décorée de pilastres de l’ordre dorique.
Suite à l’exclaustration du milieu du XIXe siècle, conséquence du Désamortissement de Mendizábal, les moines capucins ont de nouveau occupé le couvent en 1882. Cette même année, le retable baroque de Narciso et Simón Gavilán Tomé a été transféré depuis la cathédrale.