A Juan Martínez de San Millán se le debe la llegada de los jesuitas a León y la dotación económica para que crearan un colegio donde hubiera enseñanza gratuita de latinidad y retórica. El centro se complementa con la fundación de una escuela de primeras letras por parte del Ayuntamiento y una cátedra de gramática por parte del Cabildo de la Catedral en un anejo de la misma iglesia (1571). Fue obispo de León entre 1564 y 1578, fecha de su fallecimiento, siendo enterrado en la actual iglesia de Santa Marina.
Hasta la segunda mitad del siglo XVII, la enseñanza era privada y laica, mas tarde, en varios acuerdos municipales el Ayuntamiento piensa en la Compañía de Jesús como solución para suplir la falta de maestros que enseñasen tanto a niños como a vecinos a leer y a escribir, encaminándolos además en la senda de la virtud y la fe. Años después se llegaría a un acuerdo con el colegio jesuítico, en el cual el Ayuntamiento construía y dotaba de mobiliario adecuado dos aulas con patio y los jesuitas se comprometían a no cobrar a los niños que deseasen ir al colegio y a que figurase el escudo de la ciudad (acuerdos realizados en los años 1613, 1642, 1667 y 1669).
Diversas circunstancias motivaron la ruptura del acuerdo dos décadas mas tarde, aunque la escuela seguiría sostenida por un impuesto especial. Desde entonces la enseñanza es un aspecto que preocupa al Ayuntamiento, las aportaciones realizadas por el mismo culminan con el establecimiento de una comisión local de instrucción pública a través de una Real Orden del Ministerio de Gracia y Justicia (1853), o la creación de una escuela de párvulos (1864).
El recuerdo del obispo San Millán pervivió en la ciudad durante muchos años a través del colegio. Además, él mismo había procurado honrar al santo riojano que le daba apellido y proporcionó una dote para que la Catedral acudiera a celebrarle (1578). A la procesión pública que el Cabildo realiza desde la Catedral hasta el colegio jesuítico, actual iglesia de Santa Marina, se suma también el Ayuntamiento. “En reconocimiento de eso acude la Iglesia Mayor y la Ciudad una vez cada año en procesión a las iglesia de nuestro colegio, haciendo aquel día sermón todo en muestras de agradecimiento que se le debía a tan santo pastor que así cuidó su rebaño”. Esta tradición desapareció en el siglo XVIII.
En el año 1999 se rescata la tradición y la costumbre, restableciéndose así el antiguo voto de San Millán creándose un nuevo ceremonial en León para el recuerdo de la obra del obispo y la vinculación municipal para el sostenimiento de la enseñanza pública.