Juan Martinez de San Millan ist die Ankunft der Jesuiten in Leon zu verdanken und die Finanzierung einer Schule in der es kostenlosen Unterricht in Latein und Rhetorik gab. Dieses Zentrum wurde durch die Schule des Schreibwesens (gegründet von der Stadtverwaltung) und eines Lehramtes für Grammatik (gegründet vom Rat der Kathedrale) vervollständigt. Diese sind in einem Anbau der Kirche (1571) untergebracht. Juan Martinez de San Millan war Bischof von Leon von 1564 bis 1578. Im Jahr 1578 verstarb er und wurde in der Kirche Santa Marina beigesetzt.
Bis zur zweiten Hälfte des XVII Jahrhunderts, war der Unterricht privat und unreligös. Jahre später werden verschiedene Vereinbarungen mit der Stadtverwaltung getroffen, um das Lehramt in die Hände der Jesuiten zu geben. Damit wird das Fehlen von Lehrern bekämpft und Kindern, ebenso wie Anwohnern die Möglichkeit gegeben Lesen und Schreiben zu lernen Außerdem sollte ihnen der Glaube nahegebracht werden. Später gab es eine Vereinbarung mit der Jesuitenschule, mit der die Stadtverwaltung zum Bau von zwei Lehrsälen und deren Möbilierung verpflichtet wurde. Die Jesuiten wurden angehalten, den Kindern kostenlos Unterricht zu erteilen und das Wappen der Stadt am Gebäude anzubringen (Vereinbarungen aus den Jahren 1613, 1642, 1667 und 1669).
Verschiedene Umstände trugen zwei Jahrzehnte später zu der Auflösung dieser Vereinbarungen bei. Die Schule blieb durch eine besondere Steuer bestehen. Seitdem sorgte sich die Stadtverwaltung um den Unterricht. Nach einer Königlichen Anordnung des Ministeriums für Vergebung und Justiz (1853), gipfelte der Beirag der Stadtverwaltung in der Gründung einer Möglichkeit für öffentlichen Unterricht und einer Schule für Kleinkinder (1864).
Die Erinnerung an den Bischof San Millan blieb nicht zuletzt durch die Schule noch viele Jahre bestehen. Noch zu Lebzeiten befahl er dem Heiligen Riojaner, von dem er seinen Nachnamen hatte, zu huldigen und hinterließ der Kathedrale eine Spende, damit dies getan werden konnte (1578). An der öffentlichen Prozession, die das Domkapitel veranstaltete und die von der Kathedrale bis zur Jesuitenschule, der heutigen Kirche Santa Marina, führte, nahm auch der Stadtrat teil. “In Anerkennung daran findet ein Mal in jedem Jahr eine Prozession der Iglesia Mayor und der Stadt zur Kirche unserer Schule statt. An diesem Tage gilt die Predigt als Dank an den heiligen Hirten der so seine Herde hütete”, diese Tradition verschwand im XVIII Jahrhundert.
1999 wurde sie wieder belebt und mit ihr das Gelübte von San Millan, um so dem Werk des Bischofs und der Verwurzelung des städtischen Lehrwesens zu gedenken.