En 1196 fue arrasado Puente Castro y su aljama se trasladó a la ciudad de León, delimitada por las actuales Plaza Mayor, de Santa Ana y del Grano.
Muchos nombres recuerdan su pasado comercial, Zapaterías, Platerías, Azabachería … pero el eco de Cal de la Sinagoga, Cal de Moros, Cal Silvana, ha muerto hace siglos para ser sustituido por Misericordia, Santa Cruz, Puerta del Sol …
Su sinagoga mayor se situaba en la calle Misericordia, y van apareciendo vestigios que recuerdan la presencia hebrea en León: restos de construcciones medievales en la antigua aljama, bodegas, patios (como el de Jabalquinto), pasajes como el Portillo de los Judíos, tras la fachadas que ocultan su origen medieval.
Los hebreos ejercían las actividades más variadas, al amparo del Fuero de 1090, que concede derechos muy semejantes a judíos y cristianos, lo que a menudo se olvida recordando sólo a los recaudadores de impuestos y prestamistas.
En este momento aparece la figura más relevante de la cultura y el pensamiento judío leonés: Moisés de León, nacido hacia 1240, autor del Libro del Zohar (Libro del Esplendor), que se considera la principal obra cabalística.
Avanzada la Edad Media, cambian las dinastías, se suceden crisis económicas, las epidemias asolan las ciudades, y el trato tolerante hacia los judíos da paso al recelo de la población.
Este cambio de actitud hace que, a partir del S. XIV, se limiten los derechos del pueblo hebreo, permitiendo a los cristianos atacar impunemente a los judíos: Los Quiñones y los Lorenzana en 1449 entraron en la judería saqueándola e hiriendo a sus habitantes. Todo contribuyó a que la población judía de León fuese decreciendo.
En 1492 los Reyes Católicos firman el decreto de expulsión de los judíos, poniendo fin a siglos de convivencia. Muchos decidieron convertirse, pero durante mucho tiempo se vieron amenazados por la sospecha de judaizantes.
Inicialmente la aljama se sitúa en el actual barrio de Puente Castro, llamado Castrum Iudeorum, cuyos primeros elementos hebreos de remontan al siglo X, pero cuyo cénit se sitúa en los siglos XI y XII. Se conservan sus restos en proceso de excavación en el Cerro de la Mota, financiada por el Excmo. Ayuntamiento de León.
De su cementerio proceden varias lápidas funerarias repartidas entre el Museo de León, la Sinagoga del Tránsito (Toledo) y el Museo-Catedral de León.
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