On doit à Juan Martínez de San Millán l’arrivée des Jésuites à Léon et la dotation économique pour créer une école où il y avait gratuité de l’enseignement du latin et de la rhétorique. Le centre est complété par la création d’une école de lettres par la Mairie et d’un professeur de grammaire par le Chapitre de la Cathédrale dans une annexe de la même église (1571). Il fut évêque de Léon entre 1564 et 1578, date de sa mort, et fut enterré dans l’église actuelle de Santa Marina.
Voto de San Millán

Jusqu’à la seconde moitié du XVIIe siècle, l’éducation est privée, laïque ; plus tard, plusieurs accords municipaux du conseil municipal croit en la Compagnie de Jésus comme une solution pour remédier au manque de maîtres qui enseignent aux enfants et aux voisins à lire et à écrire, les menant en même temps vers le chemin de la vertu et la foi. Des années plus tard on arriverait à une entente avec le collège des Jésuites, où la Ville construisit et dota de mobiliers deux salles de classe avec patio alors que les jésuites s’engagèrent à ne pas faire payer les enfants qui voulaient aller à l’école et à mettre l’écusson de la ville (les accords conclus dans les années 1613, 1642, 1667 et 1669).

Plusieurs circonstances conduisirent à la violation de l’accord, deux décennies plus tard, bien que l’école soit toujours prise en charge par un impôt spécial. Depuis lors, l’éducation est un sujet de préoccupation pour le Conseil municipal, les contributions apportées par celui-ci culmine avec la création d’un comité local de l’instruction publique par un arrêté royal du Ministère de Grâce et Justice (1853), ou la création d’une l’école maternelle (1864).

La mémoire de l’évêque de San Millán survécut dans la ville pendant de nombreuses années à travers l’école. En outre, il avait cherché à honorer le Saint Rioja qui donna son nom et fournit une dot à la Cathédrale pour qu’elle puisse venir à la célébration (1578). À la procession publique que le Chapitre réalisa de la Cathédrale au collège des Jésuites, l’église actuelle de Santa Marina, assiste également le conseil municipal. “En reconnaissance de cela, la Principale Eglise et la ville se rendent une fois par an à la procession à l’église de notre école, faisant sermon ce jour-là de toutes marques de reconnaissance dues à un saint berger qui gardait un troupeau ainsi.” Cette tradition a disparu au XVIIIe siècle.

En 1999, la tradition et la coutume furent arrachées de l’oubli, rétablissant ainsi le vœu ancien de San Millán de créer une nouvelle cérémonie à Léon à la mémoire de l’œuvre de l’évêque et de l’union municipale pour le soutien de l’enseignement public.