Die Ankunft des San Francisco Ordens in Leon wird auf das XIII Jahrhundert datiert. Das schon erbaute Kloster wurde oft verändert und 1791 beendet. Die aktuelle Kirche wurde unter der Leitung des Architekten Francisco de Rivas, im neoklassischen Stil erbaut, mit einem Stockwerk in der Form des lateinischen Kreuzes versehen und mit Säulen im Dorico-Stil dekoriert.
Nach der Entweihung als Kloster Mitte des XIX Jahrhunderts und der Beschlagnahmung durch Mendizabal, bewohnte der Kappuzinerorden ab 1882 von neuem das Kloster. Im selben Jahr wird das Altarbild, ein Werk von Narciso y Simon Gavilan Tome, von der Kathedrale hierhin überführt.